Si llegaste a este post buscando una solución es probable que la que, aquí propongo se adapte a ti, pues bien te explicare mi problema y como y por que le di esa solución.
Razón del problema;
El problema en si de mysql es el protocolo de autentificación, a un que hay blog donde nos dicen como cambiar la contraseña para el protocolo más reciente, en mi caso no funciono así que me fui por otra solución.
Solución oficial para soportar el antiguo protocolo de autentificación: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/old-client.html
Bug oficial: http://bugs.mysql.com/bug.php?id=70023
Problema
La única diferencia que tenia la PC de la cual el sistema no se podía conectar a la BD, es que tenia una versión del controlador más actual respecto a las demás conector ODBC 5.3, mientras que las anteriores tenían la versión anterior “5.1”, por lo que debería igualar la versión en todas las PC.
Solución
En mi caso instale la versión del conector ODBC 3.51 que es la más antigua que proporciona MySQL, y la cual es la que estaba disponible al momento de desarrollar la aplicación, con esto el sistema volvió a funcionar correctamente. Por alguna razón que ya no investige por cuestión de tiempo, es que con la version 5.1.13 me seguia dando el mismo error, el resto de las computadoras tenían la 5.1.9, la cual ya no esta disponible por mysql. es por eso que me decidí por la 3.51.
Espero que mi solución también pueda aplicarse a su problema.